两个店铺后台设置的发货地址一样会不会关联呢？

不会被关联。就像很多不同卖家的货物是通过第三方海外仓发往FBA仓库的，他们填写的地址可能都是同一个（第三方海外仓的地址）。

如果实在不放心，也可以将其中的一个发货地址修改一下，而且这并不影响正常的发货。